Starfsemi safnsins fylgir stofnskrá og stefnu safnsins eins og hún er skilgreind í samnefndum gögnum, þar sem tilgreind eru markmið safnsins og stefna í söfnun, varðveislu, rannsóknum, miðlun og safnfræðslu.

Stofnskráin var fyrst gerð árið 1948, en var tekin upp árið 1999 eftir að sveitarfélögin í Skagafrði voru orðin tvö. Áður tilheyrði safnið sýslunni og síðar héraðsnefnd, sem fóru með stjórn hreppa og kaupstaða innan sýslumarkanna. Höfuðstöðvar safnsins eru í Glaumbæ, en skrifstofa Fornleifadeildar, aðstaða til rannsókna og sýninga og megin geymsla safnsins er í Minjahúsinu á Sauðárkróki.

Á undanförnum áratug hefur Byggðasafn Skagfirðinga eflt samvinnu við aðrar stofnanir og rannsóknir með það að markmiði að efla starfsemi safnsins og auðga þekkingu um skagfirskar minjar og menningu og gera safnið að virkum þátttakanda í samfélaginu.

Gildi rannsókna er mikið fyrir söfnin, fyrir samtímann og framtíðina. Rannsókn getur verið forsenda söfnunar, varðveislumats og miðlunar, svo sem sýninga og útgáfu. Miðlun, í hvaða formi sem hún er, byggir oftar en ekki á undangengnum rannsóknum, sem eru ekki alltaf augljósar og stundum er þeim lokið þannig að niðurstöður þeirra hljóta ekki viðurkenndan sess sem rannsóknaniðurstöður. Þetta á til dæmis við um margar sýningar safnanna því að á bak við þær eru óskilgreindar margvíslegar rannsóknir sem koma fram í innihaldi sýninganna en lengra ná þær oft ekki og áhorfandinn skynjar sýninguna ekki sem rannsóknarniðurstöðu nema hún sé sett í það samhengi.